海參對於海岸的淨化，扮演著「海蚯蚓」的重要角色，在海洋生態系中有清道夫的功能。許多生物和海參有共生的關係，例如：梅花參和蛇目參的肛門中常有隱魚共生；許多棘輻肛參和黑乳參體表有白瓷螺共生；蕩皮參體表也偶有多毛類共生；黑乳參體表也會有蟹類共生。因此，海參身體內、外常成為許多生物的「棲息地」，海參的消失，也連帶讓許多共生生物一起消失。

臺灣海域常見的海參中，除了非洲異瓜參、棘輻肛參、黑海參、蕩皮參、黑刺星海參、棘手乳參、黃疣海參、醜海參、斑錨參和紫輪參等10種海參數量較多外，其他20種海參數量均相當有限。不論是教學或研究，都應該儘量避免採集這些稀有海參。

海參最大的敵人是人類，臺灣很少人會去採集海參為食，我們的食用海參，大多是由東南亞、中國、韓國及北美進口的。因此，臺灣海參被採捕食用的壓力不大。日益嚴重的海岸污染和棲息地的破壞是臺灣海參所面臨的最大問題。海參運動緩慢，逃離污染源的能力很差，因此，只要環境及水質有太大的改變，海參就無法生存。

海參是雌雄異體，精子和卵子被釋放到海水中受精，受精卵在水中發育成幼蟲，漂浮約2週後，才下沉到海底，變態發育成為小海參。在海參的生活史中，幼生期是很容易死亡的，不好的水質最容易造成海參幼生集體死亡。因此，維護乾淨穩定的海水，是海參保育的首要條件。

海參是進行體外受精，生殖時，雌雄海參會聚集在一起，減少彼此的距離以增加成功受精的機會。因此，如果海參數量太少，生殖時，排放到海水中的精子濃度就不夠，成功的受精機會就會降低。對這些體外受精的動物而言，族群數量降低到某一程度，就幾乎可以宣告族群的滅亡。

臺灣海參所面臨的另一項問題是水族業的觀賞捕捉。許多海參具有鮮豔的體色，體型也相當大，因此常被飼養在水族箱中，被販售或觀賞以圖利。許多大型水族館的業者就常從臺灣沿海捕捉梅花參、蛇目參、糙刺參等大型稀有海參，對這些稀有海參造成嚴重的威脅。

臺灣的海參大多在春末及夏天生殖，此時天氣炎熱，到海邊戲水的人特別多，海參又會聚集在一起生殖，因此，更容易受到有意及無意的捕殺及干擾。唯有透過教育，才能讓民眾瞭解海參保育的重要性和急迫性。