少數海參具有橫分裂生殖的能力，例如：墾丁海域常見的黑海參、棘手乳參和非洲異瓜參都有橫分裂無性生殖的能力。無性生殖也是這3種海參的主要生殖方式。黑海參行無性生殖時，會將身體前端舉起，扭轉二圈，扭轉點會變細，周圍的組織會被吸收掉，以減少傷口的面積。此外，黑海參在扭轉前會將腸子內的珊瑚沙全部排放出來，以利於扭轉。但是在某些情況下，黑海參會直接進行橫分裂生殖，而不需經過扭轉這一步驟；但將體內珊瑚沙排出，以利斷裂，是必經的過程。

分裂和水溫的關係：誘導海參行分裂生殖的環境因子，目前尚不清楚，推測可能是夏季高溫所引起海水物理及化學變化所造成。墾丁地區的黑海參大多數在夏天進行分裂生殖，而當地夏天的大退潮剛好在中午，冬天的大退潮則在午夜。因此，海洋生物學家推測，可能是夏天的高溫及正中午的大退潮引起的環境劇烈變化，誘導了黑海參的分裂生殖。

棘手乳參在核三廠出水口附近的密度很高（每平方公尺可達60隻），體型也比附近海域沒有熱廢水影響的個體小了許多，顯示無性生殖的頻率比其他地區高，更說明了水溫升高及所引起的附加變化，可能是誘導海參行無性生殖的重要原因。

黑海參移地生長的實驗也證明了水溫可能是引發分裂生殖的重要因子。把個體重約50克的黑海參族群，從會行分裂生殖的淺潮池中，移到2公尺深的潮池中生活，結果牠們可以長到500克，但不會進行分裂生殖。

不均勻斷裂：黑海參的分裂生殖是一種不均勻的分裂，在身體前端約1╱3處斷裂，前段較小，後段較大。前端保留了鈣質口環上的所有重要器官，但是沒有腸子。後端則保留了所有的腸子、呼吸樹。由於前端長出新肛門所耗費的能量較少，而後端要長一個頭及觸手才可開始進食，因此後端需要較多的組織（能量），這可能是造成這種不均勻斷裂的主要原因。

分裂和體型的關係：會進行無性生殖的棘皮動物通常體型都比較小，棘手乳參及非洲異瓜參的體重多在10克以下，即是印證，許多海星及陽燧足也是小型種才會進行分裂生殖。但是會分裂的黑海參體型多在100-150克之間，300克以上的個體就無法進行分裂生殖。這是因為黑海參長到250克以後，體型開始變得粗胖，體壁增厚，但體長增加有限。體壁太厚胖的結果，使得黑海參無法扭轉行無性生殖。

分裂對族群的影響：分裂生殖對黑海參族群造成相當大的影響，牠不但避免了個體的成熟及老化，也減低了個體有性生殖的潛能；發育中的生殖腺常因為橫分裂生殖而流失或被再吸收。黑海參及棘手乳參高頻率的分裂生殖，也讓研究者很難計算牠的出生率、成長率及存活率。