海參大多數是雌雄異體，精子及卵子分別排放到海中受精。只有極少數為雌雄同體，雌雄同體者有雄性先熟的情況。我們只發現特有種：臺灣步錨參，有少數個體的生殖腺同時有精子及卵子存在，但是精子量已很少。因此，我們懷疑這些精子是上一次生殖季所殘留，未完全吸收的精子。臺灣的海參都在春天或夏天生殖，生殖季長達2-4個月之久。以下我們就臺灣產3個目的11種海參，分別討論各目的生殖特性，並和溫帶種作一比較：
臺灣產樹手目海參的生殖週期：屬於樹手目的非洲異瓜參是一種小型海參，體重多在10克以下，且生活在低潮線碎浪帶的岩縫中。在連續一年的採樣中，每月都沒有採獲有產卵跡象的個體，這顯示非洲異瓜參的有性生殖可能不是很有效的生殖方式。在全年210隻（每月15-20隻）的解剖個體中，僅7.6﹪（n=16）具有成熟的生殖腺，而且全部是雄性，僅在4月期間發現1隻生殖腺快成熟的雌性，而且族群中有相當數量的個體缺少鈣質口環，這顯示非洲異瓜參會進行橫分裂生殖，而且橫分裂生殖可能是其主要的生殖方式。以前的研究報告並未記錄非洲異瓜參會進行無性生殖，這可能是因為牠們體型小，且躲藏在碎浪帶的岩縫中，不容易採集，所以沒被觀察到。
非洲異瓜參的生殖腺在每年的3-4月間成熟，卵徑可達350μ，顯示牠的卵為卵營性（浮游幼蟲以卵為營養來源，不需進食）。另一種生活在珊瑚礁區潮間帶沙地中的樹手目海參－脆懷玉參，在4-6月產卵，卵徑300-400μ，也是卵營性種類。這兩種樹手目海參都在春天海水溫度開始上升時生殖，可能和春天水中浮游生物數量增加有關。這兩種海參都是濾食性，以過濾水中的浮游生物為食，在春天生殖，幼參可能可以獲得較充足的食物。
樹手目的海參大多生活在溫帶地區，國外的研究報告指出牠們大多是在春天生殖，和春天浮游植物大量繁殖的時間同步，這顯示牠們的生殖季和幼參食物來源有很大的關係。
臺灣地區和溫帶地區的樹手目海參的生殖週期有一個通則：牠們都在春天水溫上升，浮游藻類增加時開始生殖，牠們都產生卵徑大於300μ的卵營性卵（大型卵，所發育成的浮游性幼蟲不需進食，靠卵黃維生，數天後下沉到海底，變態發育成小海參）。
臺灣產楯手目海參的生殖週期：屬於楯手目的棘輻肛參、蕩皮參及棘手乳參，以沙子及岩石上的有機物為食（底食性海參），牠們都在夏天生殖。但生活在低潮線碎浪帶岩縫中的黑赤星海參卻是一個例外，黑赤星海參雖也是楯手目的海參，但卻是濾食性，食物來源和樹手目海參相同，因此，生殖季也和樹手目海參相似，是在春天生殖。這種現象說明食物來源的時間和食物的類別，對於海參的生殖季有很大的影響；食物的多寡將會影響生殖腺是否能正常發育。這4種海參的卵徑都在150μ以下，都是植營性卵（浮游幼蟲需進食浮游植物，不以卵為營養來源）。熱帶及溫帶地區的楯手目海參有一個生殖通則：牠們全都是產生植營性幼生，進行間接發育，且生殖季多在夏天。
臺灣產無足目海參的生殖週期：屬於無足目的斑錨參、灰蛇錨參及臺灣步錨參生殖季在6-7月，和楯手目海參相似。斑錨參及灰蛇錨參是2種大型海參，長可達1公尺以上，生活在水流平緩的海灣或潮池中。而臺灣步錨參是一種小型海參，長度在10公分以下，生活在高潮線附近的珊瑚沙中。這3種海參用羽狀觸手掃取岩石上或沙中的食物顆粒，或以有機物碎屑為食。在晚春時，墾丁大型藻類開始大量死亡、分解，提供了這些底食性的無足目及楯手目海參豐富的食物來源，生殖腺也開始發育成長。在臺灣，這3種無足目海參都是一年生殖一次，且生殖季都在夏天。這種情況和楯手目海參相似，生殖腺發育和食物的高峰期相關，而夏天的高水溫可能對受精卵及幼生的發育速率也有正面的影響。但是，無足目的紫輪參也是一個例外，紫輪參的生殖季提早到4-6月，比其他無足目海參早，卻和樹手目海參的生殖季相似，這可能由於紫輪參也是半固著性的海參，平時躲在高潮區岩石下，半埋在沙中，很少移動，漲潮時才伸出觸手撈取隨水流而來的食物。食物來源與捕食方式和樹手目海參及黑赤星海參非常相似，所以生殖季也和黑赤星海參一樣提早到春天。上述的這4種無足目海參的生殖特性是均產生卵徑小於150μ的小型卵，且受精卵都進行植營性的間接發育。
總合起來，臺灣的海參都在春天或夏天生殖，生殖季長達2-4個月之久。卵營性的非洲異瓜參及脆懷玉參在春天生殖，而其他植營性的種類則多在春末及夏天生殖。值得一提的是，植營性的黑赤星海參及紫輪參的生殖季較其他植營性海參提早，而這兩種海參的食性和卵營性的樹手目海參相同。所以，我們推測：決定海參生殖季的關鍵，可能不是幼蟲食物的豐富度，或幼蟲環境的好壞，而是成體食物來源的時間。充足的食物才能讓海參的生殖腺正常發育。紫輪參、黑赤星海參、非洲異瓜參和脆懷玉參都是半固著性的種類，很少移動，牠們的食物來自於藻類碎片、浮游動、植物及有機物碎片，這些食物冬天較多，夏天較少，所以牠們的生殖腺在冬天到初春時發育，在晚春開始生殖。而其他海參則以珊瑚沙上的有機物為食，這類食物在春末藻類開始大量死亡時較豐富，所以牠們的生殖腺在春天發育，夏天成熟生殖。有關海參的生殖時間，究竟是與成體食物來源的時間有關，或與幼蟲食物來源的時間有關，仍待進一步研究證實。