大型真菌有系統的研究已有兩百多年的歷史，早期最著名的菌學家是南非的Persoon (學習及工作在德國及法國) (重要著作：Synopsis Methodica Fungorum，1801 年)以及瑞典的Fries (重要著作：Systema Mycologicum，1821-1832年)。而Fries 更被譽為是真菌學的林奈。許多著名真菌的學名還是Persoon 及Fries 所命名的。

早期的真菌分類倚賴子實體外形特徵做基礎，而這並不是自然的分類方法。最早以顯微鏡有系統研究菌類顯微特徵當做分類依據的是法國的Patouillard (重要著作：Essai taxonomique sur les families et les genres des Hyménomycétes，1900年)。現代高等真菌的分類系統約在三、五十年前成形，主要以顯微特徵的仔細研究歸納所得。近二十多年來利用穿透式電子顯微鏡技術(TEM) 的觀察，對於真菌系統分類提供了不少貢獻。近十幾年所應用的分子生物學方法，尤其是近幾年對於核酸(DNA，RNA) 序列的分析已成為研究真菌親緣關係的一項利器。應用分子生物學的分析與形態特徵的相互比較，是目前真菌系統分類研究的主要方法。

在真菌分類系統的修正過程中，我們可以發現到分類學者因為長久執迷於一些基本特徵，尤其是巨觀特徵的識別，而錯誤地把不同的類別歸在一起。這是由於這些特徵可能因適應環境而有趨同演化的結果。比如在擔子菌中，已知有些同目或同科內的種類的組成份子，其子實體有可從扁平形、圓柱形到傘形的巨大差別。而有相同子實體外形的種類也可存在不同目的擔子菌中。有時同樣的顯微特徵卻也可在不相干的類別中發現到。就營養方式而言，同科內的種類也可有從菌根菌到木材腐朽菌的差別。因此分類學是不斷藉由懷疑與發現新的證據而修正舊有系統的一個過程。