高等真菌指的是真菌中菌絲普遍具有分隔細胞間的真正隔膜( septum) 者，也就是子囊菌及擔子菌這兩類。我們在野外所見的較大型真菌也幾乎都是高等真菌，以下略做介紹。

一、子囊菌

子囊菌是已知真菌中最大的一群，它們的有性生殖孢子是生長在子囊裡面，子囊有圓形、橢圓、長條、棒狀等不同的形狀。子囊內含有的孢子數目固定，多為八個，少數種類有四個、十六個或多至二百五十六個。孢子成熟後即由子囊內釋放出來，子囊的構造又可細分為溶解、無蓋、有蓋與雙層等幾種。許多個子囊與附屬構造結合形成子囊果，子囊果又可分為密閉、瓶狀、盤狀與子座數種型式。一般熟知的酵母菌、冬蟲夏草及羊肚菌等即是屬於子囊菌。

二、擔子菌

擔子菌的特徵為其有性生殖時期，擔子柄外生擔孢子。擔子菌是真菌中高等進化者，野外所見的大型真菌亦多為擔子菌。擔子菌的外觀形色富於變化，為大自然添增了不少繽紛色彩。擔子菌有兩大類，即異擔子菌類和同擔子菌類，學者認為前者是較原始的。異擔子菌類的擔孢子具再生擔孢子的能力，且多數種類的擔子有橫隔或縱隔。異擔子菌中許多種類的子實體呈膠質，被稱為果凍菌( jelly fungi )。木耳、白木耳及花耳等皆為異擔子菌。同隔擔子菌的擔子不分隔，擔孢子也不能再生擔孢子。較為人們熟悉的同隔擔子菌有菇類、無褶菌類以及腹菌類。菇類主要成員為傘菌目、牛肝菌目及紅菇目，這類的子實體通常柔軟，呈傘形，傘的腹面褶狀但牛肝菌目則多呈孔狀。無褶菌類子實體的質地頗堅韌，在自然中存留的時間也較久，這類多為木材腐朽菌，最多的是皮殼菌類及多孔菌類。還有一類頗醒目的是腹菌類，主要長於地表，其共有特徵是產生擔孢子處包被在子實體內部而不外露。腹菌類雖以其共有特徵而被歸為一類，然而在分類上卻是頗異源性的，分屬好幾個目。地星、馬勃、竹蓀和鳥巢菌是人們較熟知的腹菌類。