早期生物學家曾將生物區分為植物界以及動物界，在此系統中，真菌因具有細胞壁及子實體固著之特性，而歸於植物界。然而生物學家經由對於營養方式、化學成分分析，超顯微構造研究以及分子生物學等研究結果，已了解動、植物的兩界分法是不對的，合理的二分是原核生物與真核生物的區別。但兩界的生物區分過於簡化普遍不為生物學家所滿意，因而三界、四界、五界以至於更多界的區分都曾被生物學家提出討論過。 Whittaker ( 1969 )所提出的生物五界說是普遍被接受使用的一個學說，其中五界為原核生物界 (Monera) 、原生生物界(Protista) 、真菌界(Fungi) 、植物界(Plantae) 、動物界(Animalia) 。生物的營養攝取方式是Whittaker 學說的一項重要基礎。
Cavalier-Smith ( 1981 )認為界的區分應基於對較穩定的基本細胞構造研究，而非將營養的適應方式當作主要的根據。否則由此而組成的類別會有趨同演化的可能，如此就違反了分類的原則。經Cavalier-Smith 對細胞器的分析研究，認為細胞生物可分為六至十界為合理。Cavalier-Smith 對各個界的定義及區分是目前學界討論的主流，而本文僅就真菌有關的部分做論述。長久以來，菌類學者由懷疑進而了解黏菌( slime mould )與真菌是不同的(de Bary,1887; Olive, 1975; Cavalier-Smith, 1981) ，主要差別在於前者具有兩項不同於真菌的重要特徵，而應隸屬於原生生物( Protozoa ) ( 1 )吞噬性營養行為( phagotrophy ); ( 2 )管狀而非平板狀的粒線體脊( mitochondrial cristae) 。另外受到菌類學者質疑的是生活史中會產生游動孢子的纖毛菌類( ciliated fungi )。我們現在認為纖毛菌類是異源性的，其中的壺菌類( Chytridiomycetes )的游動孢子後方有一根鞭狀毛，其表面平滑不含鞭毛絲( mastigonemes )。絲壺菌類( Hyphochytridiomycetes )游動孢子前端有一條羽狀的鞭毛包被著鞭毛絲。而卵菌類( Oomycetes )的孢子游動前端有兩鞭毛，一是平滑的鞭狀毛，另一為包中皮有鞭毛絲的羽狀鞭毛。由於同具此一鞭毛絲的特徵，絲壺菌類與卵菌類因此被納入色藻界( Chromista) (Cavalier-Smith, 1989) ，而壺菌類仍為真菌界。Whittaker ( 1969 )的五界說中的真菌界仍包括了黏菌、絲壺菌及卵菌類。真菌界應包含了壺菌門、接合菌門、子囊菌門及擔子菌門，而黏菌為原生生物界，絲壺菌及卵菌為色藻界 ( Hawksworth， 1991; Barr, 1992 )。因此Whittaker ( 1969 )的Fungi 是廣義的，也包含了黏菌、絲壺菌及卵菌類; Cavalier-Smith ( 1981 )所提出的狹義真菌(Eufungi) ，則不包括後三類，而他所稱的Eufungi也是目前學者認定的真菌界。 Hawksworth ( 1991 )把fungi 視為一種傳統上的名詞使用，亦即菌學家研究的對象(organisms studied by mycologists) Barr( 1992 )則提出了:菌類聯盟( Union of Fungi) (廣義)與真菌界( kingdom Eumycota) (狹義)的區分，亦即在菌類聯盟中包含有真菌界以及在色藻界與原生生物界中過去被視為真菌的成員。因此“fungi” 之使用遂曾有狹義與廣義之不同含意。大陸的裘維蕃教授( 1991 )提出了「菌物」這名稱做為廣義fungi 的中文。中國大陸並於1993 年5 月改組原有的真菌學會而新成立了中國菌物學會。有鑑於fungi 一字可能有廣義及狹義使用上的不同概念，大陸魏江春教授( 1993 )提出了“ panomyces” 這個字做為「廣義fungi」(菌物)的拉丁名稱，此議並為中國大陸菌物學會成立大會所接受。菌物這個名稱的提出及使用是期望與動物及植物有相對等的含義。事實上植物與動物各自成一界，而菌物的成員並非限於一界，因此易生誤導。所以廣義的fungi 之中文如以過去廣為使用「菌類」一詞來翻譯即可。為正本清源， Cavalier-Smith ( 1993 )重新規範真菌界的名稱為Fungi 而不為Eumycota，至於非屬真菌界的成員移出即可，此舉為Hawksworth et al. (1995) 所接受。現在fungi 的概念已確定是狹義的，也就是真菌界的成員。這情形可以用植物界做例子，一旦發現某類生物不應屬於植物，只須把植物界重新界定，而不必為新界定的植物界創造新名詞。
值得一提的是， Cavalier-Smith ( 1987 )根據生化合成的途徑以及粒線體脊的證據，提出在親緣上動物較植物更接近真菌。Baldauf & Palmer ( 1993 )進一步使用分子生物學的研究結果，也說明了動物較其他界的生物更近緣於真菌界。