移除了原有臺灣水韭的栽培箱槽，必須維持斷水的處理，並將之置於全日照環境下管理至土壤約略地裸露，如果直接將水倒出，或許也同時流失多數的臺灣水韭孢子，在此不作建議。在土壤裸露的期間，除了保持栽培箱槽中的土壤濕潤（最多維持著略為淹水的狀態），也要不定時將箱槽中的雜草拔除，以免妨礙臺灣水韭苗株的發育。關於保持栽培箱槽中的土壤濕潤，是很重要的管理措施，因為，臺灣水韭孢子發育的過程中，水份是決定其存活率相當重要的因子，因此，絕對不能讓土壤有乾至龜裂的情事。約莫一個月的時間，這些栽培箱槽土壤表層便會出現多數的臺灣水韭小苗了。

初生的臺灣水韭小苗十分纖細，多數尚未能有效地固著於土壤中，特別是那些著床於淡水藻體上者；因此，管理作業就得相當謹慎，供水務必「輕」，以免將難得的臺灣水韭實生小苗沖刷殆盡了。

實生苗保持在原本的栽培箱槽中栽培管理，箱槽中的水位隨著苗株的長成而調高即可；當苗株的蕨葉長度至少長達3公分之際，便可以將栽培箱槽注滿水了。實生苗株的移植作業，不建議過早；實務的栽培中，實生苗的移植通常都在養成苗株至少三個月以後，並且採行逐一選取植株健壯者優先移植；移植的苗株蕨葉長度至少要5公分，蕨葉的數量則是越多越好，蕨葉數量多代表苗株根系越茂盛。苗株移植，一般是一3吋塑膠苗盆植入一株，栽培介質一如前述者即可。