在經過長期的栽培觀察，也大致有了管理的模式，就是在春、夏季的臺灣水韭營養生長旺盛期，供水必須充足，並得讓植株處於完全沉水的條件下以利增長；在這個時期，由於水體長期曝曬在日照下，水溫於早上10:00至午後3:00間經常高達30℃以上，因此，得經常澆灌以降低栽培箱槽的水溫；此外，淡水絲狀藻的產生也會干擾臺灣水韭的增長，因此，人工除藻的作業也是此時期的重要管理工作。夏末以後，臺灣水韭的營養生長會明顯遲滯，特別是入秋以後，老熟的蕨葉往往會大量脫落，更經常會在水面上看到多數的蕨葉漂浮，其實，這正是臺灣水韭大量釋出孢子的時間與情況；由於這段時間的光照強度已不若盛夏，絲狀藻的增生情形也明顯趨緩，除藻作業相對輕鬆許多。

臺灣水韭孢子囊的生成，約莫是每年的3月至11月間。要讓臺灣水韭順利地繁殖新的植株，就得掌握臺灣水韭帶著成熟孢子囊的蕨葉開始大量斷裂﹑漂浮在水面上的時機，臺中市約莫10月以後就會發生了。當水面上有著多數的蕨葉漂浮，可以先檢視這些蕨葉的基部是否多數都有孢子囊，確認後，便會進行斷水處理，直至原本的臺灣水韭的蕨葉露出水面1/2長度；此時，殘留水中的淡水絲狀藻體多數是覆蓋在底土的上方，同時也提供了臺灣水韭孢子著床的另一種介質。

爾後，逐一將原有的臺灣水韭移植新的栽培箱槽中，重新進行另一輪的繁殖作業。而種過臺灣水韭的土壤還會不時長出新的苗株。