臺灣本島位於西太平洋的熱帶與亞熱帶交界處，位於地球的歐、亞大陸板塊的東部邊緣，臺灣的東部海岸是這板塊的最東邊緣，這裡的外海某些區域已是太平洋的最深海域(水深超過4,000公尺)。因此，臺灣東部海岸是高低不平且陡峭的地形，主要由不受大浪沖擊的礁岩海岸所構成。當深海的海水循環湧升至海面時，隨著海水覆蓋浸洗海岸，總是會帶來豐富的養分。沿著東部海岸有熱帶的洋流「黑潮」(Kuroshio)經過，終年由呂宋海峽往北流向日本。

當黑潮通過由窄窄的陸地所隔開的臺灣島兩邊時，東西兩岸出現了兩種截然不同的海洋環境。臺灣的西部海岸為水淺且湍急的臺灣海峽，平均水深僅有60公尺左右。臺灣西部海岸主要由易受變動的泥、沙底質構成，而非礁岩海岸。這裡具有寬廣的淺海區域、沙質與泥質的海岸。河流的注入更使許多區域海水鹽度降低。雖然臺灣海峽受到黑潮支流的影響，但它也持續受到某些程度的冷水團的作用。夏季時，佔優勢的暖流向北流，這包括了黑潮及溫暖的南海暖流。冬季時，寒冷的中國沿岸流較佔優勢，由東海向南流入臺灣海峽，再流向南海。